20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为\"炼金之星\"的组织，其成员之一的高山我梦作为\"XIG\"的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的\"根源性灭亡招来体\"进行的誓死决战中；另一方面，已脱离\"炼金之星\"的\"藤宫博也\"坚定地认为：对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着\"蓝光\"的威力，变身成与\"盖亚\"相对立的\"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼\"。　　作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏，盖亚·奥特曼其最大的变化在于\"盖亚和阿古茹\"这二个敌对、且都为地球人出生的\"人类奥特曼\"的登场。当然，他俩的战斗场面也属前所未闻。同时，二人的对立观点自始至终贯穿全剧，由此，该作品被设定为连续剧，而非各集独立成章。