A.D.2009，在经历了和巨大异星人Zentraedi的那场近乎导致人类灭亡的星间战争之后，幸存下来的人类和Zentraedi彼此融合，开始了以种族延续为目的的银河播种计划。 A.D.2059，人类为寻求可居住的行星，不断在银河系中探寻新天地。载有千万人的超长距离移民船团Macross Frontier（第25船团），航行于银河系中心附近。与Frontier临近的21番移民船团Macross Galaxy上在住之现役偶像歌手雪露·诺姆为举行演唱会来到Frontier。兰花·李在去Live途中邂逅作为飞行员候补生的早已女有人，三人的不期而遇，彼此的命运从此相互牵系！ 而此时，Frontier遭遇不明敌人的强力攻击，移民船团上的人们又将何去何从？新的Macross物语即将展开！