遊城十代在前往deueru学术高中的入学考试的途中，与传说中挑战者武紫藤戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了入学考试。为此十代恳求cronos教授让他过关, 然而无论十代怎样恳求，cronos教授都不同意。于是十代 VS cronos 的决斗开始了…… 南方的岛上，专门用于培育决斗者的デュエルアカデミア高校。每一个年级的学生大概50人，一共150人左右。为寄宿制的学校。 根据学生成绩的好坏，分成3个等次,优等生的“奥拍利斯巨神兵·蓝”,排第2的“太阳神翼神龙·黄”,还有劣等生的“奥斯里斯天空龙·红”是一个个人主义，弱者被冷落看不起的学院 某天