人类和宇宙怪兽的战斗仍然在继续……宇宙怪兽的势力圈在太阳系边境，地球将被当作攻击对象…… 　　在这个时代一群拥有超能力的孩子（トップレス）被送往一个学校组织（フラタニティ）接受训练并且驾驶巨大机器人（バスターマシン）准备随时于怪兽作战。 　　宇宙怪兽，多来自银河系外的行星，它们生性凶残暴戾，使所有良善生物的天敌。它们有一个共同野心，就是要侵占地球。其实它们根本不需要到地球，在别处也能得到所需能源，但既然它们已看上地球，地球人便成为它们的障碍物，所以要将人类赶尽杀绝。在它们眼中，地球人只是一堆垃圾。 　　2015年12月19日，高谷典子的父亲、超光速宇宙战舰舰长的舰队在距地球12000光年的空域遭宇宙怪兽袭击，536名乘员遇难，只有47人奇迹般生还。日后的太田教练是由于高谷提督让出自己的位置才生还的，而提督本人留在了旗舰“宇宙号”上。由于高谷典子心目中还认为父亲还活在宇宙的某个角落，因此上了帝国宇宙军附属冲绳女子宇宙高等学校，准备成为太空人，去太空寻找父亲……