故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）、超能力者（Level5）、绝对能力者（Level 6），实际只是理论上存在进化为Level 6的可能，并没有哪一个角色成功进化为Level 6（在本篇《魔法禁书目录》中，最强的Level 5一方通行被树形图设计者（Tree Diagram） ，就是世界上最强悍的一台计算机认定为唯一有可能进化为Level 6的人，（“妹妹计划”也由此展开））。每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次。\r\n女主角御坂美琴是就读于学园都市名门贵族女校“常盘台中学”的十四岁少女。在学园都市中只有七人的Level 5超能力者排行第三。拥有操纵电击的能力，因此被称为“电击使”。